عملکرد مخزن فاضلاب بدین صورت است که فاضلاب دفع شده از خروجی لوله های وسایل بهداشتی، پس از ورود به مخزن فاضلاب، به علت کاهش سرعت جریان، بخشی از مواد معلق و مواد سنگین آن ته نشین می شود و به صورت لجن در کف مخزن قرار می گیرد.

در مرحله بعد، با کمک باکتری‌های بی هوازی که فعال شده‌اند شروع به تجزیه مواد آلی موجود کرده و لجن فاضلاب را هضم می نمایند.

کار باکتری‌های بی‌هوازی اینگونه است که انرژی مورد نیاز خود را از تجزیه مواد آلی، معدنی موجود در فاضلاب بدست می آورند و این باکتری ها بر خلاف باکتری‌های هوازی لجن و فاضلاب را احیا می کنند.

در نتیجه فاضلاب به صورت مواد آلی ناپایدار تجزیه شده و در اثر این فعل و انفعالات فاضلاب موجود در مخزن گند انبار به پساب تبدیل می شود.

بعد از نصب، موضوع مهمی که باید به آن دقت کنید نحوه بالا بردن کارایی آن است. به این منظور باید یک سری موارد را برای نحوه عملکرد سپتیک تانک رعایت کنید که شامل موارد زیر می شود:

• هدایت گازهای بدبو به بالاترین نقطه: هدایت گازهای بد بو را به بالاترین نقطه ساختمان ببرید چرا که اگر این موضوع رعایت نشود، موجب انفجار آن می شود.
• استفاده از پساب برای آبیاری درختان: پساب خروجی سپتیک برای آبیاری فضای سبز مناسب نیست. برای این‌منظور، می توان آن را با زهکشی جهت آبیاری ریشه درختان استفاده کنید. اکثر کشورهای اروپایی بعد از نصب این کار را انجام می دهند.
• اجتناب از مواد شوینده آنتی‌باکتریال: برای بالا بردن کارایی مخزن سپتیک فاضلاب از ریختن مواد شوینده آنتی باکتریال خودداری کنید.